Samarbeidet med universitets- og høgskolesektoren omfatter undervisning, veiledning og studentstipendiater. Ansatte ved universitet eller høgskole er tilknyttet NUPI i bistilling, tilsvarende 0,8 årsverk. Tilsvarende utfører NUPI-medarbeidere 0,7 årsverk ved universitets- og høgskolesektoren. En rekke NUPI- medarbeidere underviser også ved Universitetet i Oslos sommerskole. En rekke medarbeidere veileder studenter og doktorgradsstudenter ved universitet og høgskoler.
I tillegg hadde NUPI til sammen 17 studentstipendiater i 2009, hvorav 10 kvinner og 7 menn.