NUPI har etablert et program som skal være en overbygging over forskningsinnsats rettet mot Afghanistan og Pakistan. Programmet skal være tverrgående og flerfaglig.
Afghanistan og Pakistan programmet omfatter blant annet forskere og medarbeidere som Helge Lurås, Ståle Ulriksen og Laila Bokhari. Stina Torjesen skal være faglig leder for programmet og Mikkel F. Pedersen er koordinator.
Et sentralt prosjekt innenfor programmet er Det norske forsvaret i Afghanistan: erfaringshåndtering, doktrineutvikling og strategisk effekt. Et treårig prosjekt finansiert av Forsvardepartementet med hovedfokus på å studere sammenhenger mellom erfaringer, operativ aktivitet og strategiske mål ved innsatsen i Afghanistan. Prosjektet skal gjennomføres i samarbeid med forskere fra Institutt for forsvarsstudier og Forsvarets stabsskole.