I forbindelse med statsbudsjettet for 2009 er det vedtatt at NUPI får nytt grunnfinansieringssystem. Et system som gradvis vil bli innført over flere år.
Første omlegging ble innført allerede for budsjettåret 2009, da bevilgningen fra Kunnskapsdepartementet var på 3,2 mill. kroner til nasjonale oppgaver knyttet til informasjonsvirksomheten, jf. NUPIs statutter. Resterende bevilgning kommer fra og med 2009 over Norges forskningsråds budsjett.
Det nye grunnfinansieringssystemet for instituttsektoren ble i St.prp. nr.1 (2007-2008) presentert med fire resultatindikatorer, samt en vekting mot oppdragsinntekter som del av samlede inntekter. I St.prp. nr. 1 (2008 – 2009) er systemet igjen omtalt. Nå er det introdusert en ny resultatindikator; nasjonale oppdrag, samt gitt en spesifikasjon av beregningen av relevanskomponenten. Innføringen av en femte resultatindikator og beregning av en relevanskomponent vil få alvorlige konsekvenser for NUPI fordi prosjektfinansiert forskning for Utenriksdepartementet (UD) og Forsvarsdepartementet (FD) ikke gir uttelling i det nye systemet.
NUPIs relevansandel ut fra innrapporterte regnskapstall for 2005 – 2007 er etter det nye systemet beregnet til 27 %. Andre institutter har, ut fra en annen finansieringsstruktur, relevansandeler på opp til 73 %. Dette innebærer at NUPIs 284 publiseringspoeng reduseres til 77, våre 5 doktorgrader blir til 1,4, og våre 5 bistillinger også til 1,4 bistillinger. Vitenskapelig innsats ved NUPI teller med andre ord en tredjedel av tilsvarende artikler, doktorgrader og bistillinger hos våre konkurrenter. Dette systemet opplever vi som grunnleggende skjevt.